果肉の黒い点々としたものは、ポリフェノールの作用によるものです。
アボカド果肉内には種子に栄養や水分を送るための維管束という組織があります。
黒い点々は、維管束に含まれるポリフェノールが酸素に触れたことによるもので、問題なくお召し上がりいただけます。

保管中の環境により発生したと思われます。
この虫（メイガ）は玄米の表面や糠の中などに産卵する習性があります。
精米工場では異物除去機を通過させていますので、虫など異物が混入することは考えにくいのですが、糠層を100％除去することが出来ないため、糠層に産み付けられた虫の卵を除去するのは難しい現状があります。そのため、お届け後の気温や湿度等の環境によって虫が発生する場合があります。

パックに傷がついて、空気中の微生物が入り込みカビが発生したものと考えられます。
パックを密封することで品質を保っているため、製造工程において密封検査を行って穴あきや密封不良がないかチェックし、合格品を箱詰めして出荷しています。
製造工場出荷以降いずれかの時点で、パックに傷がついてしまった可能性が考えられます。
箱入りを購入した場合、箱を刃物で開いて傷を付けてしまうことがありますので、手で開封しましょう。

ニオイ移りによるものと考えられます。
ペットボトルを開封していなくても周囲の環境からニオイ移りすることがあり、ニオイ移りによってニオイだけでなく、味が変化したように感じる場合もあります。
なお、商品の品質には決められた基準があり、製造時にはニオイや味についても確認をしています。保管の際は、ニオイのするものが近くにないか注意しましょう。